菲律宾一共有九个国际集装箱港，按规模大小排列如下：
1 Port of Manila 马尼拉港
Coordinates 坐标：14°35′48″N 120°57′16″E
UN/LOCODE 港口代码：PHMNL
马尼拉港位于吕宋岛（Luzon）西南的马尼拉湾（Manila Bay）东岸，在马尼拉都会区马尼拉市（Manila City, Metro Manila）的行政范围内，沿巴石河（Pasig River）河口南北两侧分布。
马尼拉港分为三个港区：
马尼拉北港（Manila North Harbor）
马尼拉南港（Manila South Harbor）
马尼拉国际集装箱码头（Manila International Container Terminal, MICT）
全部三个港区均可装卸国际集装箱。其中北港位于汤都区（Tondo District），南港占据整个港区（Port Area，与汤都区和下面的圣尼古拉斯区一样，是马尼拉市16个地理分区之一），国际集装箱码头大部分位于汤都区、一小部分位于圣尼古拉斯区（San Nicholas District）。
马尼拉港是菲律宾最大的海港，目前年集装箱装卸达300万标准箱（TEUs）。
2 Port of Cebu 宿务港
Coordinates 坐标：10°18′23″N 123°55′34″E
UN/LOCODE 港口代码：PHCEB
宿务港位于菲律宾中部宿务岛（Cebu Island）东中部、麦克坦海峡（Mactan Channel）西岸，行政上位于宿务都会区宿务市北部填海区（North Reclamation Area, Cebu City, Metro Cebu）。
3 Batangas International Port
八打雁国际港
Coordinates 坐标：13°45′16″N 121°02′36″E
UN/LOCODE 港口代码：PHBTG
八打雁国际港位于吕宋岛西南的八打雁湾（Batangas Bay）东北岸，在行政上位于八打雁省八打雁市圣克拉拉村（Brgy Santa Clara, Batangas City, Batangas）。
4 Port of Subic Bay 苏比克湾港
Coordinates 坐标：14°48′27.7″N 120°17′03.3″E
UN/LOCODE 港口代码：PHSFS
苏比克湾港位于吕宋岛西南的苏比克湾（Subic Bay）东北岸，在行政上隶属于苏比克湾自由港区（Subic Bay Freeport Zone, SBFZ）。
5 Port of Cagayan de Oro
卡加延德奥罗港
Coordinates 坐标：08° 29′ 44.21” N 124° 39’ 46.3″ E
UN/LOCODE 港口代码：PHCGY
卡加延德奥罗港位于棉兰老岛（Mindanao）北海岸中部的马卡哈拉湾（Macajalar Bay）内，在行政上隶属于东米萨米斯省卡加延德奥罗市马卡巴兰村（Brgy Macabalan, Cagayan de Oro City, Misamis Oriental）。
6 Port of Davao- Sasa Wharf
达沃港-萨萨码头
Coordinates 坐标：07° 6' 30" N 125° 39' 22" E
UN/LOCODE 港口代码：PHDVO
达沃港位于棉兰老岛东南达沃湾（Davao Bay）西北岸，在行政上隶属于达沃市布汉金区萨萨村（Brgy Sasa, Buhangin District, Davao City）。
附：达沃国际集装箱码头（Davao International Container Terminal, DICT）
位于达沃湾北岸，在行政上隶属于北达沃省帕纳博市圣佩德罗村（Brgy San Pedro, Panabo City, Davao Del Norte）
7 Port of Iloilo 伊洛伊洛港
Coordinates 坐标：10°41′24″N 122°34′59″E
UN/LOCODE 港口代码：PHILO
伊洛伊洛港位于菲律宾中部班乃岛（Panay Island）东南沿岸的中南部、伊洛伊洛海峡（Iloilo Strait）的西南岸，在行政上隶属于伊洛伊洛省伊洛伊洛市（Iloilo City, Iloilo）。
8 Port of General Santos
桑托斯将军港
Coordinates 坐标：06° 03' 12.60" N 125° 08' 45.58" E
UN/LOCODE 港口代码：PHGES
将军港位于棉兰老岛中南部萨兰加尼湾（Sarangani Bay）西北岸，在行政上隶属于桑托斯将军市拉班加尔村（Brgy Labangal, General Santos City）。
9 Port of Zamboanga 三宝颜港
Coordinates 坐标：06° 54' 39'' N 122° 4' 39'' E
UN/LOCODE 港口代码：PHZAM
三宝颜港位于棉兰老岛西南三宝颜半岛（Zamboanga Peninsula）的西南端，在行政上隶属于三宝颜市（Zamboanga City）。
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